Die Ergebnisse der Gewässerstrukturkartierung dienen als Entscheidungs- und Planungsgrundlage für die Verortung von Maßnahmen zur Verbesserung der
Gewässerhydromorphologie. Sie dokumentieren den aktuellen Zustand der Gewässerstruktur, zeigen bestehenden Handlungsbedarf auf und dienen zum Nachweis von Verbesserungen (Erfolgskontrolle) durch abgeschlossene Maßnahmen.

Im Durchschnitt können täglich bis zu etwa 6 km Gewässerstrecke bewältigt werden.Die Länge der zu kartierenden Abschnitte variiert in Abhängigkeit von der aktuellen Gewässerbreite und liegt zwischen 100 m und 1000 m. Alle Abschnitte werden zusätzlich mit und gegen die Fließrichtung photographiert.

Der Begriff „Gewässerstruktur“ umfasst sämtliche räumliche und materielle Differenzierungen der Gewässersohle, Gewässerufer und der Gewässeraue, soweit sie hydraulisch, gewässermorphologisch und hydrobiologisch wirksam und für die ökologischen Funktionen des Gewässers und der Aue von Bedeutung sind.

Folglich bestimmt der Ausbauzustand die Lebensbedingungen in und an Fließge-
wässern sowie deren Funktionsfähigkeit, Wasser zu transportieren bzw. zurückzuhalten Damit sind der Schutz und die Wiederherstellung ökologisch funktionsfähiger und naturnaher Fließgewässer eine wesentliche Aufgabe der Wasserwirtschaft.

Die Datenerhebung erfolgt mit Hilfe standardisierter Erhebungsbögen. Erfasst werden die Strukturen des Gewässerbettes (z. B. die Zusammensetzung der Sohle), der Ufer (z. B. die Frage nach Uferbewuchs) und des Gewässerumfeldes bzw. der Aue (z. B. die Flächennutzung). Der Maßstab für die Bewertung ist der heutige potenziell natürliche Gewässerzustand (Leitbild). Das ist der Zustand, der sich nach Aufgabe vorhandener Nutzungen in und am Gewässer und seiner Aue sowie nach Entnahme sämtlicher Verbauungen einstellen würde.

Auch Querbauten werden erfasst

Als Ergänzung zur Gewässerstrukturgütekartierung werden noch etwa 14.000 Querbauwerke aufgenommen, die eine Absturzhöhe von mehr als 20 cm aufweisen. Querbauwerke beeinflussen die Gestalt des Gewässers und stellen als „Geschiebefalle“ bzw. als „Wanderbarriere“ für die Organismen eine Unterbrechung und Störung des Gewässerökosystems dar. Sie können einen strömungsverarmten Rückstau mit für das Gewässer untypischen Struktur- und Biotopverhältnissen verursachen. Querbauwerke können sehr unterschiedlich gestaltet sein, z. B. als Wehr oder Wasserkraftanlage. Sie stellen unüberwindbare Hindernisse für Wanderfische wie Aal und Lachs dar, wenn sie nicht mit funktionierenden Fischpässen ausgestattet sind.